La construcción de este imponente edificio terminó en 1674; el estilo barroco moro, morisco, está muy presente. Su fachada de piedra tallada y su patio poblado de innumerables palomas le dan un poco de aire de la Plaza de San Marcos en Venecia. La importancia de esta iglesia radica sobre todo en la enorme biblioteca, que contiene textos muy antiguos, especialmente textos sobre la llegada de los conquistadores y la época de la conquista española. Algunos de los manuscritos son verdaderos tesoros de la humanidad. Las estatuas de santos y mártires en la sacristía son también un importante foco de interés. Finalmente, lo que hace famoso a San Francisco es la presencia de catacumbas: más de 25.000 misteriosos restos de huesos pueden ser visitados a lo largo de estos oscuros túneles en las entrañas de la tierra.